mongod výchozí umístění databáze je /data/db/ .
Pokud spustíte ps -xa | grep mongod a nevidíte --dbpath což výslovně říká mongod abyste se podívali na tento parametr pro umístění db a nemáte dbpath ve vašem mongodb.conf , pak výchozí umístění bude:/data/db/ a měli byste se tam podívat.