Daná mongo databáze je rozdělena do série souborů BSON na disku se zvětšující se velikostí až na 2 GB. BSON je jeho vlastní formát, vytvořený speciálně pro MongoDB.
Tyto snímky by měly odpovědět na všechny vaše otázky:
http://www.slideshare.net/mdirolf/inside-mongodb-the-internals-of-an-opensource-database