Předchozí odpovědi nefungují v MongoDB 3.4+. Správným způsobem, jak toho dosáhnout ve verzi 3.4 a vyšší, je vytvořit BasicDBObject a použít jej jako parametr Database.runCommand(). Zde je příklad.
final BasicDBObject command = new BasicDBObject();
command.put("eval", String.format("function() { %s return;}}, {entity_id : 1, value : 1, type : 1}).forEach(someFun); }", code));
Document result = database.runCommand(command);