VAROVÁNÍ (Windows a OS X):Výchozí nastavení Dockeru ve Windows a OS X používá virtuální počítač VirtualBox k hostování démona Docker. Bohužel, mechanismus, který VirtualBox používá ke sdílení složek mezi hostitelským systémem a kontejnerem Docker, není kompatibilní se soubory mapovanými v paměti používanými MongoDB (viz chyba vbox, docs.mongodb.org a související chyba jira.mongodb.org). To znamená, že není možné spustit kontejner MongoDB s datovým adresářem namapovaným na hostitele.
Odpověď z docker mongo GitHub
Řešení pro zachování dat:
docker volume create --name=mongodata
docker run -d -p 27017:27017 -v mongodata:/data/db --name=mymongo mongodb:3.3
Více informací zde