Zkusili jste přidat další inkluzní projekci? Myslím, že můžete přidat něco triviálního jako foo:1 (to není skutečné pole) a mělo by to fungovat.
Asi takhle:
{ 'countries' : { '$slice' : [0, 3] }, '_id' : 0, foo : 1 }
Pokud to nefunguje, doporučuji nahlásit chybu s mongo. Ve skutečnosti umí velmi dobře reagovat na chyby.