Myslím, že je zde nějaký zmatek.
mongod je "mongo démon", je to v podstatě hostitelský proces pro databázi. Když spustíte mongod v podstatě říkáte "spusťte proces MongoDB a spusťte jej na pozadí" . mongod má několik výchozích parametrů, jako je ukládání dat do /data/db a běží na portu 27017.
mongo je shell příkazového řádku, který se připojuje ke konkrétní instanci mongod . Když spustíte mongo bez parametrů se standardně připojuje k localhost na portu 27017. Pokud spustíte mongo proti neplatné kombinaci stroj:port se pak nepodaří připojit (a řekne vám to hodně).
V ideálním případě, když děláte cokoli jiného, než si jen „hrát“, použijete pro spuštění mongod parametry příkazového řádku . Stejným způsobem byste měli spustit mongo shell s explicitními instrukcemi.
Na základě vašeho popisu se domnívám, že můžete narazit na problém týkající se používání výchozích databází. Zkuste spustit mongo s následujícím (kde dbname je název vaší databáze)
./mongo localhost:27017/dbname