Problém jsem vyřešil tak, že jsem nainstaloval starší verzi mongodb na systém, pro který nebyl problém ji předbalit (no, Windows 10, i když oficiálně se uvádí, že balíček je pro Windows Server 2008), zkopírováním databázové soubory (obsah /var/lib/mongodb ), spusťte jej pomocí --dbpath param (mongod --dbpath /path/to/dbfiles ), nastavení příznaku kompatibility podle dokumentů a nakonec zkopírování souborů db zpět na server.
Rád bych věděl o lepší možnosti, ale je dobré vědět, že soubory db lze snadno přenést na jiný systém, dokonce i na jinou architekturu (db však byla relativně jednoduchá a malá).