MongoDB 3.2 (vydáno v listopadu 2015) nabízí šifrované úložiště. Není třeba používat API třetích stran k šifrování dat před vložením nebo šifrování celého disku. Více podrobností najdete zde. Upozorňujeme však, že je nabízen pouze pro edici Enterprise.
Pracuje s úložištěm WiredTiger, které je od verze 3.0 zahrnuto jako alternativa k výchozímu úložiště MMAPv1. Pokud vaše databáze stále používá MMAPv1, přečtěte si tuto příručku pro kroky k převodu databáze z MMAPv1 na WiredTiger.
Jak poznamenal Fernando Paz v komentářích, šifrované úložiště je k dispozici pouze ve verzi MongoDB Enterprise.