Potýkal jsem se s podobným problémem a po velkém prozkoumání jsem zjistil, že to bylo způsobeno starší verzí mongoose, protože dřívější verze nejsou kompatibilní se změnami v MongoDB 3.6 a vyšší.
Upgradoval jsem verzi mongoose jednu po druhé a zjistil jsem, že funguje naprosto dobře s verzí mongoose 4.12.2 nebo nad ([email protected]).
Verzi mongoose můžete upgradovat spuštěním následujícího příkazu:
npm install [email protected]