Zkuste $unset ve volání funkce update() .
Takhle:
db.collection_name.update({ _id: 1234 }, { $unset : { description : 1} })
A jak poznamenal vikneshwar, pokud chcete odstranit jedno pole ze všech (nebo více) dokumentů, můžete použít updateMany() takhle:
db.collection_name.updateMany({}, { $unset : { description : 1} })