Na tuto velmi podobnou otázku jsem již odpovídal. Omezení Map Reduce v MongoDB byla nastíněna dříve – jak jste zmínil, je jednovláknový, musí být převeden na Java Script (spidermonkey) a zpět atd.
Proto existují další možnosti:
- Konektor MongoDB Hadoop (oficiálně podporovaný)
- Agregační rámec (vyžaduje 2.1+)
V době psaní tohoto článku nebylo stabilní vydání 2.2.0 ještě venku, ale bylo až na RC2, takže vydání by mělo být bezprostřední. Doporučil bych to vyzkoušet jako smysluplnější srovnání pro tento typ testování.