Nejsem si jistý, zda je to správný způsob, odeslání zabití by pravděpodobně mohlo poškodit váš mongo server a v případě havárie budete muset opravit databázi.
Možná jste tuto otázku již vyřešili, ale já dělám toto:
mongo admin --eval "db.shutdownServer()"
Jsem automaticky připojen k adminově sbírce a další, musím spustit extinction.
Zde je oficiální odkaz, jak správně zastavit Mongodb:http://api.mongodb.org/wiki/current/Starting%20and%20Stopping%20Mongo.html
Nejlepší