Pokud řadíte sestupně a vidíte null hodnoty na konci, to by bylo výchozí chování řazení.
Pro změnu tohoto chování se toho opravdu moc udělat nedá, ale řešením, které vám poskytne výsledky, které hledáte, je zadat dva dotazy místo jednoho:
db.Collection.find( { a: null } );
db.Collection.find( { a: { $ne: null } } ).sort( { a: -1, b: 1 } );