Měli byste volat pouze mongoose.connect jednou, ve spouštěcím kódu vaší aplikace. Tím se vytvoří výchozí fond připojení pro vaši aplikaci.
Váš model1.js a model2.js soubory vytvářejí své modely pomocí volání mongoose.model která je spojí s výchozím připojením.
Takže to za vás vlastně řeší Mongoose.