Můžete to udělat zabalením $nin v $elemMatch
operátor tak, že $nin se aplikuje samostatně na každý prvek sections místo množiny prvků jako skupiny:
Group.find({ sections: { $elemMatch: { $nin: archived_sections } } })
.exec(function(err, groups){
res.send(groups);
}
);
Pokud alespoň jeden prvek splňuje $elemMatch dotazu, dokument odpovídá.