Dokázal jsem se dostat pryč pomocí --jsonArray tag, který dal k souboru úplnou cestu, a upravil ho přidáním závorky na začátek a konec,
[{"my":"json","file":"imported"},{"my":"cool","file":"succeeded"}]
mongoimport --db myCoolDb --collection myCoolColl --file /path/to/my/imported/file.json --jsonArray