Co se mi osvědčilo na Fedoře 20:potřebujeme vytvořit temp dir při každém bootu, a to je řešeno pomocí systemd-tmpfiles. Vytvořte tedy soubor /lib/tmpfiles.d/mongodb.conf a vložte do něj jeden řádek:
d /var/run/mongodb 0755 mongod mongod
Zdá se, že to zvládne při restartech; pokud nechcete restartovat hned, můžete to provést pomocí:
sudo systemd-tmpfiles --create mongodb.conf
(Viz manuálové stránky pro systemd-tmpfiles)