Také jsem čelil stejnému problému.
Zkontrolujte, zda verze Mongoose, kterou používáte, podporuje verzi serveru MongoDb
Zkontrolujte kompatibilitu na tomto odkazu:http://mongoosejs.com/docs/compatibility.html
Změňte odpovídajícím způsobem verzi Mongoose v souboru package.json.
Snad to pomůže!