Spuštění dotazu se nezdařilo při spuštění příkazu Mongo prostřednictvím bash skriptu

To není javascript. Z javascriptu nemůžete volat externí spustitelný soubor.

Jednoduše spusťte mongorestore přímo:

mongorestore --host=localhost --port=27017 --gzip --archive=C:\backup --nsInclude 'n2aenv.*' --nsFrom 'n2aenv.*' --nsTo 'newDB.*'