Právě jsem to opravil tak, že jsem jako hledaný výraz použil ID odkazovaného objektu namísto samotného referenčního objektu.
$_repo->findOneByCustomer($customer->getId());
EDIT:To nezpůsobuje výjimku, ale ve skutečnosti to také nic nevrací. Zkusil jsem použít nový MongoId ($id), jak bylo navrženo na několika místech (Doctrine MongoDB find by id ), ale ani to nefungovalo. Nakonec jsem v úplném nástroji pro tvorbu dotazů našel něco, co vyhledává podle odkazů (poznámka:místo ID objektu se používá objekt).
$dm->createQueryBuilder()->find('CantaoCustomerBundle:CustomerTags')
->field('customer')->references($customer)
->getQuery()->execute();
Mám pocit, že by to mělo být provedeno jednodušeji (jako jste to udělali původně), ale tato oprava mi vyhovuje.