Mohu snadno vrátit všechna pole vnořeného dokumentu jako pole v dokumentu nejvyšší úrovně pomocí agregačního rámce?

Můžete použít $replaceRoot operátor agregace od 3.4:

db.getCollection('sample').aggregate([
    {
        $replaceRoot: {newRoot: "$field1"}
    }
])

Poskytuje výstup podle očekávání:

{
    "subfield" : {},
    "subfield2" : [],
    "subfield3" : 44,
    "subfield5" : "xyz"
}