Ano – můžete použít variantu strategie použité pro vytvoření nového indexu v sadě replik bez prostojů. To bude vyžadovat, aby byl skrytý člen při vytváření indexu přepnut do režimu offline.
Zde je odkaz na strategii:http://docs.mongodb.org/manual/tutorial/build-indexes-on-replica-sets/#procedure
Ve vašem případě přepnete skrytého člena do stavu off-line a restartujete jej v samostatném režimu (odstraňte možnost --replSet a použijte jiné číslo portu). Jakmile je člen izolován, můžete upravit indexy (odebrat nepotřebné a přidat nové). Po vytvoření indexů restartujte člena se starým portem a volbou --replSet.
Skrytý člen se znovu synchronizuje se sadou replik a vše je připraveno.