Naštěstí mongodump 3.0 přijímá možnosti přeskočení určitých kolekcí.
To vyřešilo můj problém, že nemám administrátorský přístup k databázi pro vyladění oprávnění. Mějte na paměti, že již nebudete vytvářet úplné zálohy.
mongodump --excludeCollection=system.indexes
nebo
mongodump --excludeCollectionsWithPrefix=system