Máte pravdu, všechny DBRefs jsou dychtivě načítány, ale nejsou dychtivě zachraňovány (AFAIK). Pokud A má odkaz na B, když uložíte A, Spring Data/MongoDB automaticky neuloží B, musíte to udělat.
// Incorrect, upon retrieval a.getB() == null
A a = new A();
a.setB(new B());
repositoryA.save(a);
// Correct (to the best of my knowledge)
B b = repositoryB.save(new B());
A a = new A();
a.setB(b);
repositoryA.save(a);