Hlavní rozdíl je v tom, že úložiště dokumentů (např. MongoDB a CouchDB) umožňují libovolně složité dokumenty, tedy vnořené dokumenty v rámci vnořených dokumentů, seznamy s dokumenty atd. zatímco úložiště sloupců (např. Cassandra a HBase) umožňují pouze pevný formát, např. přísné jednoúrovňové nebo dvouúrovňové slovníky.
