Podařilo se mi opravit chybu stažením repo z githubu, úpravou bson.h a provede node-gyp rebuild na to.
Chyba je zřejmě způsobena možností kompilace, kterou zařízení ARM nepodporují. Pro případ, že by to někoho zajímalo:
- Úložiště klonů Git zde:
https://github.com/mongodb/node-mongodb-native - Otevřete
./node-mongodb-native/node_modules/bson/ext/bson.h - Změňte
#define USE_MISALIGNED_MEMORY_ACCESSod1na0 - proveďte
node-gyp rebuildpřekompilovat knihovnu.
Toto fungovalo pro mě.