Zacházení s jedinečnými, řídkými, složenými indexy mongodb

https://docs.mongodb.org/manual/core/index-partial/

Od mongoDB 3.2 můžete vytvořit částečný index, který to také podporuje.

db.users.createIndex(
   { name: 1, email: 1 },
   { unique: true, partialFilterExpression: { email: { $exists: true } } }
)