Konečně jsem na to přišel díky skupině Mongoid google. Podrobnosti zde:https://groups.google.com/d/topic/ mongoid/T6XhqLtofTE/diskuse
Oprava jedné vložky je:
collection = mr_collection.send(:documents).sort(sort).limit(limit).skip(skip).to_a
V nadcházející verzi mongoidu se Mongoid::Contextual::MapReduce#documents změní ze soukromé metody na veřejnou a .send(:documents) již nebude potřeba.