Myslím, že k tomu budete muset přejít na ruby ovladač, protože si nemyslím, že to můžete udělat se samotným MongoMapperem:
subscribedToThread = Comment.collection.distinct("user_id", {:subscribe_thread => 1})
Volání metody kolekce na modelu vrátí kolekci tak, jak by byla poskytnuta přímo ovladačem Ruby, takže můžete zadat odlišný dotaz pomocí syntaxe níže:
collection.distinct(key, query = nil)
Více si o tom můžete přečíst zde