právě ne. Tento příkaz (String) může spouštět jakýkoli druh příkazů mongo databáze, nikoli libovolný javascript. K tomu druhému byste potřebovali DB.eval(), který by zablokoval celou vaši DB, pokud nepoužíváte mongo 1.7.2 nebo novější a nastavenou volbu noblock.
reference:http://api.mongodb.org/java/2.4-rc0 /index.html http://mongodb.onconfluence.com/display/DOCS/List +of+Databáze+Příkazy