Jak mohu na MongoDB omezit dotaz, když je moje zpětné volání uvnitř find?

Vystihl jsi to skoro správně. Zkuste toto:

db.privateMessages.find( { $or : [ {fromId: userId, toId: socket.userId} , 
                                   {fromId: socket.userId, toId: userId} ] },
                         {}, 
                         { limit : 2 }, 
                         function(err, messages) { pushSvdMsgs(messages); });

Syntaxe je find(query, fields, options) . Potřebujeme tento prázdný objekt, aby ovladač správně interpretoval možnosti.