Nemyslím si, že je to v současné době možné. Myslím, že nejlepším řešením je použít jednotné pole bez odkazu na index prvků. Všechny hodnoty z pole pak budou zapsány do souboru csv a po exportu je můžete správně přeformátovat.
mongoexport --db paul --collection team --type=csv --fields _id,official_name,common_name,country,championship,uniform --out "C:\path\to\outputFile\output.csv"