Ve vašem slovníku MONGODB_SETTINGS by měl být klíč pro název databáze 'db', nikoli 'DB' (tj. všechna malá písmena).
Chyba, kterou dostáváte, je, že rozšíření MongoEngine nemůže najít položku 'db' ve vaší konfiguraci, a proto používá jako název databáze 'default'.
Upravit
Po další kontrole se zdá, že se jedná o chybu někde v (Flask-)MongoEngine (nebo možném pymongo), kde výchozí hodnota read_preference v mongoengine.connect je False namísto skutečné preference čtení a není transformována na skutečnou výchozí hodnotu v pymongo
Pokud přidáte
from pymongo import read_preferences
k vašim importům a
'read_preference': read_preferences.ReadPreference.PRIMARY
do vašeho konfiguračního slovníku, mělo by to fungovat (to je výchozí read_preference v pymongo)