Jste si jisti, že používáte stejnou databázi? Zkuste to zjednodušit na základní příklad, např.
$m = new Mongo();
$db = $m->foo;
$db->system->js->save(array("_id"=>"archiveMessages",
"value"=>new MongoCode("function() { return 3; }")));
print_r($db->execute("archiveMessages()"));
Výsledky v:
Array
(
[retval] => 3
[ok] => 1
)