Konvencí, kterou používám a kterou jsem viděl ve většině projektů s otevřeným zdrojovým kódem (včetně Spring et al), je umístit všechny soubory, které nejsou Java, do adresáře zdrojů, do popisného adresáře:
module-root/
src/
main/
java/
(Java sources go here)
resources/
log4j.xml
spring/ (spring xmls go here)
sql/ (sql scripts go here)
mongo/ (<-- seems like a good place for mongoDB functions)
test/
unit/
java/ (unit test java sources go here)
resources/ (unit test specific resources - usually none)
integration/
java/ (integration test java sources go here)
resources/
spring/ (usually an ITestAssembly.xml goes here)
Soubor sestavení pak zabalí prostředky do zdrojové nádoby, která se nasadí spolu se všemi ostatními nádobami.