Mohu potvrdit, že je to určitě něco s OS, protože jsem aktualizoval a také narážím na stejný problém. Momentálně se v tom vrtám, pokud něco najdu, dám vám vědět!
AKTUALIZACE:
Po nějakém zkoumání se zdá, že to souvisí se závislostí Go, kterou používá MongoDB. V současné době MongoDB používá verzi 1.4.2. Ukázalo se, že existují problémy se staršími verzemi Go na macOS Sierra. https://github.com/golang/go/issues/16570 vysvětluje, že problém je vyřešen s v1.7. Pokud neexistuje způsob, jak zajistit, aby MongoDB přešel na Go v1.7, nejsem si jistý, zda to bude vyřešeno, dokud MongoDB neupgraduje své závislosti.
AKTUALIZACE 2: Plánoval jsem nahlásit chybu s MongoDB týkající se tohoto problému, dokud jsem nenarazil na toto... https://jira.mongodb.org/browse/TOOLS-1450 . Zdá se, že MongoDB 3.2.10 bude používat Go v1.7 a měl by vyřešit problémy, které vy i já vidíme.