Umístěte $sort před $group, jinak MongoDB nemůže použít index k usnadnění řazení.
Ve vašem dotazu to však vypadá, že se chcete dotazovat na relativně malý počet user_id ve srovnání s celkovou velikostí vaší kolekce group_members. Takže doporučuji index pouze na user_id. V takovém případě bude muset MongoDB třídit vaše výsledky v paměti podle last_post_at, ale to se vyplatí výměnou za použití indexu pro počáteční vyhledávání podle user_id.