Stejný problém s oprávněními WiredTiger.turtle. Ubuntu 18.04 Můj problém byl, že jsem spustil službu mongod pomocí sudo. To vytvořilo soubory s vlastnictvím root:root v mém adresáři databáze. Při spouštění služby mongod bez sudo jsem obdržel chybu povolení zamítnuto.
Řešením bylo změnit vlastnictví všech souborů v adresáři db zpět na mongodb:mongodb
$ sudo chown -R mongodb:mongodb /var/lib/mongodb/*