Použijte agregaci v mongodb k provedení aktualizace po shodě dotazu

Stále si nejste 100% jisti, co zkoušíte, ale vytvoří se výsledný dokument o délce 1 s odlišnými hodnotami pro všechny shody brand_ids.

Ve výsledku pak projde všechny značky a odstraní je z pole brand_ids.

couponmodel.aggregate(
    { $match: { "brand_id": { $in: brand_ids } } },
    { $group: { _id: null, brands: { $addToSet: "$brand_id" } } },
    function(err, doc) {
        doc.brands.forEach(function(brand) {
            var idx = array.indexOf(brand);
            if (idx > -1) {
                brand_ids.splice(idx, 1);    
            }
        });
    }
)