Při použití DateFormat musíte časové pásmo nastavit na UTC analyzovat data řetězce.
Případně můžete použít Instant v Javě 8.
Ukázal jsem oba příklady.
endDate pomocí dateFormatter s časovým pásmem nastaveným na UTC
startDate pomocí Instant
Něco jako
DateFormat dateFormatter = new SimpleDateFormat("yyyy-MM-dd'T'HH:mm:ss.SSS\'Z\'");
dateFormatter.setTimeZone(TimeZone.getTimeZone("UTC"));
Date startDate,endDate;
startDate = Date.from(Instant.parse("2017-10-06T00:00:00.000Z"));
endDate = dateFormatter.parse("2017-10-07T23:00:00.000Z");