Domnívám se, že to, o čem mluvíte, je shlukovaný index , není primární index.
MongoDB 2.0 nemá funkci clusterovaného indexu, takže běžný index on date by byla vaše nejúčinnější možnost načítání.
Je asi předčasná optimalizace přemýšlet o fyzickém pořádku na disku s MongoDB. MongoDB používá soubory mapované v paměti, takže v závislosti na vaší pracovní sadě + dotazech + RAM možná nebudete muset načítat data z disku tak často, jak se očekává.