Myslím, že mluvíte o ovladači, ne o PHP samotném. PHP nemá vestavěnou podporu pro přístup k \Mongo* třídy, dokud nezkompilujete a nenačtete speciální rozšíření.
Vzhledem k tomu, že mluvíte o nejnovější verzi MongoDB, myslím, že jste nemohli použít některé části jeho funkčnosti, protože jste měli nějaký starý ovladač (řekněme 1.2.12). Když jste upgradovali PHP, pravděpodobně jste aktualizovali také ovladač na nejnovější (1.3.0) stabilní verzi. Tato verze ovladače byla odeslána před několika dny a podporuje všechny nejnovější funkce, které MongoDB poskytuje.
Každopádně, pokud chcete zkontrolovat, jakou verzi ovladače máte, můžete zavolat phpinfo(8) z vašeho PHP a podívejte se na výstup pro mongo sekce, kde je zobrazena verze ovladače.