Edit:Pro vaši informaci:po dvou dnech přímého hledání bez nalezení odpovědi jsem vytvořil tiket pro možnou chybu na Mongoose.js Github a potvrdili můj problém. Podle nich je to opraveno v novém kandidátovi na vydání 4.0.0 , který se nedoporučuje pro produktivní použití. At skutečně vyřešil můj problém, ale rc1 dělal ještě více problémů.
Moje dosavadní řešení:
Nakonec mě tato chyba tak naštvala, že jsem změnil celou svou kumulaci této tabulky tak, že _id nemá samostatný from_node_id pole. Používám from_node_id nyní jako ID přímo.