Ovladač vám vygeneruje pole Id pouze v případě, že jsou pole identifikována jako _id sbírky. Ve vašem případě Bar je vloženo do Foo dokument.
Proto nedává smysl pro Bar mít automaticky generované pole ID.
Ve vašem příkladu opravdu není žádný důvod pro Bar mít jedinečné _id . Při dotazu na kolekci budete dotazovat na základě _id z Foo a budete mít Bar objekty dostupné v odpovědi.
Toto je rozhodně zamýšlené chování.