Hledáte $unset :
collection.update(
{"_id": ObjectId("53ccff9bbb25567911f208a8")},
{"$unset": {"tags.53ccff9bbb25567911f208a6": ""}}
)
Tím se odstraní "53ccff9bbb25567911f208a6": "tag3" záznam z tags .
Více informací na http://docs.mongodb.org /manual/reference/operator/update/unset/#up._S_unset