Tohle by mělo stačit:
db.lists.update(
{},
{ $pull: {"items": {"_id" :ObjectId("5399e2cc2d7b0349d89d2b44") }},
{ multi: true }})
Pro každý dokument v kolekci ({} znamená prázdný dotaz), odstraní každou položku s poskytnutým _id (v items pole). Bez multi možnost, bude ovlivněn pouze první nalezený dokument