Odpovím na svou vlastní otázku, protože jsem právě našel odpověď sám. V následující části dokumentace Spring Data MongoDB jsou uvedena všechna podporovaná klíčová slova, která Spring používá pro odvození dotazů:
http://docs. spring.io/spring-data/mongodb/docs/current/reference/html/#repository-query-keywords
Následující implementace funguje pro případ použití popsaný výše:
@Repository
public interface QuestionRepository extends MongoRepository<Question, String> {
List<Question> findByTagsIn(List<String> tags);
}