Můžete použít Admin#buildInfo
způsob, jak to provést prostřednictvím vašeho připojení Mongoose:
var mongoose = require('mongoose');
mongoose.connect('mongodb://localhost/test', function(err){
var admin = new mongoose.mongo.Admin(mongoose.connection.db);
admin.buildInfo(function (err, info) {
console.log(info.version);
});
});