Nevidím ani jinou cestu, takovou věc jsem implementoval dříve a neměl jsem problém.
Ve vašem případě by to mělo být takto, předáte $follower_ids určitého uživatele pole jako argument vaší funkce:
$query = array("status_owner_id" => array('$in' => $follower_ids));
$cursor = $mongo->yourdb->statuses->find($query);
A pokud indexujete stavy (pokud na to máte dostatek paměti RAM) podle id vlastníka, dostanete výsledky opravdu rychle.
Doufám, že to pomůže, Sinane.