Stačí deklarovat nativní funkci javascriptu, která dokáže porovnat dva objekty způsobem, který potřebujete, a poté napsat kód takto:
obj1 = db.test.findOne({"_id" : ObjectId("5176f80981f1e2878e840888")})
obj2 = db.test.findOne({"_id" : ObjectId("5176f82081f1e2878e840889")})
difference(obj1, obj2)
Některé nativní rozdílové funkce javascriptu lze nalézt zde nebo zde
P.S. Můžete také načíst některé knihovny js třetích stran ze shellu takto:
load("D:\difference.js")
Doufám, že to pomůže.